До недавнего времени в литературе была принята датировка храма по Н. Н. Воронину — 1165 год, основанная на сообщении Жития Андрея Боголюбского о том, что церковь Покрова была построена в память о погибшем сыне великого князя — Изяславе Андреевиче[1]. Однако Изяслав погиб осенью 1165 года, и в течение зимы храм никак не мог быть построен. С. В. Заграевский, проведя анализ летописных источников, обосновал более раннюю датировку храма — 1158 годом[2].
Церковь освящена в честь праздника Покрова Богородицы, установленного на Руси в середине XII века по инициативе Андрея Боголюбского. Вероятно, это первая церковь Покрова на Руси.
По легенде, содержавшейся в Житии Андрея Боголюбского, белый камень для постройки церкви был вывезен из покорённого Андреем Боголюбским Булгарского царства. Однако эта легенда опровергается как историческими фактами, так и результатами палеографических анализов белого камня, использовавшегося для строительства церкви[3].
В конце XVIII века из-за низкой доходности Покровской церкви игумен Боголюбского монастыря (к которому она была приписана) пытался разобрать храм на строительный материал для возведения монастырской колокольни, однако недостаток средств не позволил начать работы.
Церковь Покрова построена на рукотворном холме. Обычный ленточный фундамент, заложенный на глубине 1,6 м, продолжен основанием стен, высотой 3,7 м, которые были засыпаны глинистым грунтом насыпного холма, облицованного белым камнем. Таким образом, фундамент уходил на глубину более пяти метров. Подобная технология позволяла противостоять подъёму воды при разливах реки (до 5 м).