В 1960-м году впервые появилась мысль о таком музее. И в 60-е же годы В.М.Анисимовым, сотрудником реставрационной мастерской, был разработан полноценный проект этого музея. Согласно проекту, на окраине древнего города Суздаля, в уникальном по своему культурно-историческому значению регионе, должна была быть создана экспозиция, объединяющая в себе основные черты древнерусского зодчества Владимирской области.
Кроме собственно зданий, в музее планировалось также воссоздать подлинную атмосферу деревенского быта. Потому в рамках музейной экспозиции свозились не только деревянные постройки, но также и домашняя утварь и предметы быта.
Музей расположился на месте, где до 1917 года возвышались над окрестностями Георгиевская и Дмитриевская церкви - памятники деревянного зодчества XVIII века. На пустыре около Суздаля снова закипела жизнь. Сюда активно свозились выстоявшие в непростые годы жилые строения, хозяйственные постройки, а также церкви и ветряные мельницы. Из свезённых строений была воссоздана почти целая деревня со всеми необходимыми атрибутами.
Первым зданием, которое было перевезено в Музей деревянного зодчества, была церковь Преображения Господнего, датируемая серединой XVIII века, которая ранее располагалась в деревне Козлятьеве Кольчугинского районе. Второй стала церковь Воскресения из деревни Потакино Камешковского района. Этот своеобразный ансамбль вообще характерен для суздальских окрестностей, когда рядом располагаются «зимняя», утеплённая, и «летняя» церкви, а также колокольня. Всё строительство церквей осуществлялось без единого гвоздя, из соснового бруса, который заготавливали здесь же. Главным, а порой и единственным, строительным инструментом был топор. Причём не только для валки леса и его обработки, но и для создания резных деталей, даже самых мелких.
На сегодняшний день сохранились экспозиции, представляющие особенности организации быта в домах разных социальных слоёв, до и после отмены крепостного права в 1861 году. Так, при примерно одинаковом принципиальном строении, дома значительно отличались как по внешнему виду, так и по внутреннему убранству.